Sự khác biệt giữa Microarray và RNA Sequencing | Phân loại Microarray và RNA

Sự khác biệt chính - Microarray vs RNA Sequencing

Transcriptome đại diện cho toàn bộ nội dung RNA hiện diện trong một tế bào bao gồm mRNA, rRNA, tRNA, RNA suy giảm và RNA không bị phân rã. Profiling transcriptome là một quá trình quan trọng để hiểu được những hiểu biết về tế bào. Có một số phương pháp nâng cao cho việc mô phỏng đoạn mã. Microarray và RNA sequencing là hai loại công nghệ được phát triển để phân tích bản sao. Sự khác biệt quan trọng giữa phân tích microarray và RNA là vi mô 999 được dựa trên tiềm năng lai tạo của các đầu dò được gắn nhãn trước với các trình tự cDNA mục tiêu trong khi trình tự RNA dựa trên việc sắp xếp trực tiếp chuỗi cDNA bằng các kỹ thuật sắp xếp tiên tiến như NGS. Microarray được thực hiện với kiến ​​thức về trình tự và trình tự RNA được thực hiện mà không có kiến ​​thức về trình tự.

NỘI DUNG

1. Tổng quan và Chênh lệch khác nhau

2. Microarray là gì

3. RNA Sequencing là gì?

4. So sánh Side by Side - Microarray vs RNA Sequencing

5. Tóm tắt

Microarray là gì?

Microarray là một phương pháp hiệu suất cao, đáng tin cậy và cao thông qua việc sử dụng các mô hình sao chép của các nhà khoa học. Đây là cách tiếp cận phổ biến nhất để phân tích bảng điểm. Đó là một phương pháp chi phí thấp, mà phụ thuộc vào các đầu dò lai.

Kỹ thuật này bắt đầu bằng việc tách mRNA khỏi mẫu và xây dựng thư viện cDNA từ tổng số RNA. Sau đó, nó được trộn với các đầu dò có gắn nhãn được huỳnh quang được huỳnh quang trên bề mặt rắn (ma trận điểm). Các dãy bổ sung kết hợp với các đầu dò được ghi nhãn trong microarray. Sau đó, microarray được rửa sạch và sàng lọc, và hình ảnh được định lượng. Thu thập dữ liệu cần được phân tích để có được hồ sơ biểu hiện tương đối.

Cường độ của các máy dò microarray được giả định là tỷ lệ với số lượng bản sao trong mẫu. Tuy nhiên, tính chính xác của kỹ thuật này phụ thuộc vào các đầu dò được thiết kế, kiến ​​thức về trình tự và sự liên quan của đầu dò để lai. Do đó công nghệ vi mô có những hạn chế. Kỹ thuật vi mô có thể không được thực hiện với bảng điểm lượng phong phú thấp. Nó không phân biệt đồng vị và xác định các biến thể di truyền. Vì phương pháp này phụ thuộc vào sự lai ghép của đầu dò, một số vấn đề liên quan đến lai giống như lai chéo, lai ghép không đặc hiệu vvxảy ra trong kỹ thuật vi mô.

Hình 1: Microarray

RNA Sequencing là gì?

Trình tự shotgun RNA (

RNA seq

) là một kỹ thuật sắp xếp trình tự sao chép toàn bộ. Đó là một phương pháp nhanh chóng và thông lượng cao của profiling transcriptome. Nó trực tiếp định lượng sự biểu hiện của các gen và kết quả trong việc điều tra sâu về phiên mã. RNA seq không phụ thuộc vào các đầu dò đã được định sẵn hoặc kiến ​​thức trước của các trình tự. Do đó, phương pháp RNA seq có độ nhạy cao và khả năng phát hiện các gen mới lạ và các biến thể di truyền. Phương pháp trình tự RNA được thực hiện qua nhiều bước. Tổng RNA của tế bào phải được phân lập và phân mảnh. Sau đó, sử dụng transcriptase ngược, một thư viện cDNA phải được chuẩn bị. Mỗi sợi cDNA phải được ligated với adaptor. Sau đó các mảnh ligated phải được khuếch đại và tinh chế. Cuối cùng bằng cách sử dụng một phương pháp NGS, trình tự của cDNA phải được thực hiện. Hình 2: RNA Sequencing

Khác biệt giữa Microarray và RNA là gì?

- diff Article Middle before Table ->

Microarray và RNA Sequencing

Microarray là một phương pháp mạnh mẽ, đáng tin cậy, có dung lượng cao.

RNA trình tự là một phương pháp chính xác và thông lượng cao.
Chi phí	Đây là một phương pháp chi phí thấp.
Đây là một phương pháp tốn kém.
Phân tích một số lượng lớn các mẫu	Điều này tạo điều kiện cho việc phân tích một số lượng lớn các mẫu đồng thời.
Điều này tạo điều kiện cho việc phân tích một số lượng lớn các mẫu.
Phân tích Dữ liệu	Phân tích dữ liệu là phức tạp.
Dữ liệu khác được tạo ra trong phương pháp này; do đó, quá trình phức tạp hơn.
Kiến thức trước về trình tự	Phương pháp này dựa trên các đầu dò lai, do đó, kiến ​​thức trước của các trình tự trong yêu cầu.
Phương pháp này không phụ thuộc vào kiến ​​thức trình tự trước.
Các biến thể cấu trúc và các gene mới	Phương pháp này không thể phát hiện các biến thể cấu trúc và các gen mới.
Phương pháp này có thể phát hiện các biến thể cấu trúc như sự kết hợp gen, sự nối nối thay thế, và các gen mới.
Độ nhạy	Điều này không thể phát hiện sự khác biệt trong biểu hiện của đồng vị, do đó điều này có độ nhạy cảm giới hạn.
Điều này có độ nhạy cao.
Kết quả	Điều này chỉ có thể dẫn đến mức biểu hiện tương đối. Điều này không cho phép định lượng tuyệt đối biểu hiện gen.
Nó cho mức độ trình bày tuyệt đối và tương đối.
Phục hồi dữ liệu	Điều này cần được chạy lại để phân tích lại.
Dữ liệu trình tự có thể được phân tích lại.
Nhu cầu Cán bộ và Cơ sở hạ tầng Cụ thể	Cơ sở hạ tầng và nhân viên cụ thể không bắt buộc đối với viarray.
Cơ sở hạ tầng và nhân viên cụ thể được yêu cầu theo trình tự RNA.
Các vấn đề kỹ thuật	Kỹ thuật Microarray có các vấn đề kỹ thuật như lai chéo, lai ghép không đặc hiệu, tỷ lệ phát hiện hạn chế của các đầu dò cá thể, vv
RNA seq kỹ thuật tránh các vấn đề kỹ thuật như lai chéo, lai ghép không đặc hiệu, hạn chế tỷ lệ phát hiện của các đầu dò cá thể, vv
Xu hướng	Đây là một phương pháp thiên vị vì nó phụ thuộc vào lai.
Bias thấp so với microarray.
Tóm tắt - Microarray vs RNA Sequencing	Các phương pháp lập trình Microarray và RNA là các nền tảng dữ liệu cao được phát triển để mô tả phiên mã. Cả hai phương pháp tạo ra các kết quả có mối tương quan cao với các biểu hiện gen. Tuy nhiên, trình tự RNA có lợi thế hơn microarray cho phân tích biểu hiện gen. RNA trình tự là một phương pháp nhạy cảm hơn cho việc phát hiện các bản sao lưu trình độ thấp thấp hơn so với microarray. RNA trình tự cũng cho phép sự khác biệt giữa các đồng phân và xác định các biến thể gen. Tuy nhiên, microarray là sự lựa chọn phổ biến của hầu hết các nhà nghiên cứu vì trình tự RNA là một kỹ thuật mới và tốn kém với các thách thức lưu trữ dữ liệu và phân tích dữ liệu phức tạp.

Tài liệu tham khảo:

1. Wang, Zhong, Mark Gerstein, và Michael Snyder. "RNA-Seq: một công cụ mang tính cách mạng cho thuật toán mã hóa. "Tự nhiên đánh giá. Di truyền học. U. S. Thư viện Y học Quốc gia, tháng 1 năm 2009. Web. 14 tháng 3 năm 2017

2. Rogler, Charles E., Tatyana Tchaikovskaya, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert và Leslie E. Rogler. "Các hệ thống biểu hiện RNA (REMs), một phương pháp thông lượng cao để đo sự khác biệt trong biểu hiện gen trong các mẫu sinh học khác nhau. Nghiên cứu axit nucleic. Nhà xuất bản Đại học Oxford, 01 Tháng Một 2004. Web. 15 tháng 3 năm 2017

3. Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo, và Liu Xuejun. "So sánh RNA-Seq và Microarray trong quá trình sao chép Transcriptome của các tế bào T Kích hoạt. "PLOS ONE. Thư viện Công cộng Khoa học, tháng 1 năm 2014. Web. 15 tháng 3 năm 2017

Hình ảnh được phép bởi:

1. "Tạp chí. pcbi. 1004393. g002 "của Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2. 5) thông qua Commons Wikimedia

2. "Microarray" của Bill Branson (Nhiếp ảnh gia) - Viện Ung thư Quốc gia (Public Domain) qua Commons Wikimedia